Résumé du Projet

La clonalité est un trait d’histoire de vie répandu sur tout l’éventail du règne du vivant. La clonalité partielle caractérise une grande diversité d’organismes parmi lesquels la majorité des producteurs primaires (phytoplancton, algues, plantes, arbres), un grand nombre de pathogènes humains, de ravageurs des cultures ou d’espèces invasives, et les espèces structurantes des principaux écosystèmes côtiers. La compréhension de la dynamique et de l’évolution des espèces partiellement clonales est un enjeu majeur à la fois sur le plan fondamental et sur le plan appliqué à la santé humaine et à celle de l’environnement. Pour la plupart de ces espèces, l’observation directe des individus et du suivi de leurs mouvements dans l’espace et dans le temps est difficile ou impossible. Les approches indirectes basées sur l’utilisation des marqueurs moléculaires et des outils de la génétique des populations ont donc une place croissante dans l’étude de la dynamique et de l’évolution des populations pour lesquelles un effort de régulation est nécessaire. Paradoxalement les concepts et les modèles de génétique des populations sur lesquels repose l’interprétation des données moléculaires sont basés sur le postulat d’une reproduction exclusivement sexuée. Laissés pour compte par la théorie, la plupart des biologistes en sont réduit à appliquer des méthodes erronées, avec des conséquences pour la gestion des populations.

Ce projet regroupe un consortium d’écologistes et de généticiens des populations (théoriciens, expérimentateurs) et de parasitologistes qui travaillent sur ce problème depuis plusieurs années sur une grande diversité d’organismes, depuis les pathogènes humains et les ravageurs de cultures aux espèces structurantes en déclin ou aux algues exploitées ou invasives. Cette diversité reflète à la fois la complexité du problème et la nécessité d’un effort concerté pour dépasser le stade d’améliorations ponctuelles spécifiques à certains modèles.

Le cœur du projet sera le développement d'outils analytiques et prédictifs permettant d’estimer  les conséquences du taux de reproduction clonale sur la composition génétique des populations et les estimateurs classiquement utilisés pour la décrire.  La description de l’influence de taux croissants sur la dynamique et la trajectoire évolutive des populations sera un premier pas vers l’amélioration des attendus en terme de composantes génétique des populations sous divers scénarios à l’équilibre, ou s’en écartant (extinction, recolonisation, fluctuations des tailles de populations). Les simulations permettront de tester l’influence de différentes stratégies d’échantillonnages sur la qualité d’estimation du taux de clonalité, et de comparer la pertinence des approches analytiques basées sur la discrimination des lignées clonales versus approches génétiques multicritères. Cette étape permettra par comparaison une amélioration radicale de l’analyse et de l’interprétation des données empiriques. La composante spatiale sera également prise en compte pour appréhender l’effet de la clonalité sur la dispersion dans différents contextes démographiques. La diversité des jeux de données des différents partenaires, permettra de tester concrètement la mise en pratique des avancées théoriques réalisées sur les populations synthétiques, afin de les transférer à l’analyse pertinente des systèmes « naturels ».

Clonix réuni des chercheurs pour la plupart jeunes mais déjà expérimentés, et des chercheurs impliqués depuis longtemps dans l'étude de la clonalité et de ses implications évolutives, autour d’un problème commun aux facettes multiples, dont l’objectif de proposer à la fois une révision en profondeur du cadre théorique et des outils analytiques et statistiques pertinents permettant une avancée significative dans notre capacité de comprendre, d’anticiper et éventuellement de réguler les populations d’organismes partiellement clonaux.